Тут корень проблемы в том, что разработчики и сценаристы относятся к "западному" менталитету, а для них геноцид не является чем-то супер-плохим. Отчасти это обусловлено тем, что сами они геноциду в обозримом прошлом не подвергались (ну разве что вспоминается Кромвель и его резня в Ирландии, но это было почти 400 лет назад).
Поэтому и выходит бредятина, что орда устраивает акт геноцида (причем геймплейно все игроки орды принимают в этом участие), Альянс же страдает какой-то фигнёй и по итогу вообще зачем-то заключает мир (вместо логичного тотального истребления орды, дабы устранить угрозу раз и навсегда).
Ну а в следующем же аддоне все все благополучно забывают.