Самая здравая мысль за весь пост и срач после него - модификаторы могут быть не только негативными, но и позитивными. Отталкиваясь от этого можно не вынуждать игроков использовать механики модов, а провоцировать их на это. К примеру - вовремя убитый шарик взрывного мода отхиливает в радиусе на энный процент хп/бьет мобов на 100500 урона (как вариант - в зависимости от оставшегося времени жизни шарика). Или же убиение мобов на кишащем добавляет стак баффа на + 10/20/100500 статов (не обновляя старые такие же). Морковка с палкой со времён царя Гороха были лучшим механизмом управления массами.
Сложность и урон противников и так растет сильно, в конце концов всегда можно подкрутить коэффициенты роста мобов, если хочется (с) "сохранить баланс". Механики самих модов все равно работают в процентах.