Файлы лучше вообще не переименовывать. Потому что от этого у пользователей в современных виндах значок приложения из видимой области трея уходит в "карман" для скрытых значков. Пользователю совершенно пофиг, как там называются файлы, ему нет необходимости туда лазить.
К сожалению, разработчики, видимо, поголовно сидят на маках, иначе бы давно поняли, что после каждого обновления лаунчера (а новый лаунчер каждый раз ставится в отдельную подпапку) пользователям приходится вытаскивать этот значок обратно (ведь винда справедливо полагает, что раз путь к исполняемому файлу поменялся, то это уже другое приложение).