Сфера наносит дамаг только при смене фазы с любой на синюю.
Начало боя - ни одна из фаз не активирована. Убивается красная - поглощается синяя, фаза сменилась -> наступила синяя фаза и вы получили дамаг.
Далее вы убиваете красные сферы на синей фазе, босс поглощает синие сферы, но дамага в рейд не идет, потому что синяя фаза уже активна.
При сбросе дебафа вы заводите в босса красную сферу - наступает красная фаза и сразу же босс поглощает синюю сферу - фаза меняется с красной на синюю - сфера пробивает рейд.