Я, например, так сейвы от игр и настройки прог храню, на не системном диске. И когда сношу винду, то быстро на старое место симлинки ставлю. Кучу времени экономит.
Твой не-системный диск может крякнуть и останешься ты с симлинками, ведущими в пустоту.
Лучше засунуть эти настройки в программу для резервного копирования с сохранением путей.
Таким образом ты одновременно убиваешь двух зайцев: избавляешься от нужды настраивать программы (переустановил винду, открыл резервную копию и раскидал из нее папки по местам) и получаешь резервную копию (у тебя каждый файл продублирован - на системном диске оригинал и его копия в резервной копии).
Лично у меня все сейвы от игр и настройки программ засунуты в Cobian Reflector, который ежедневно делает копию всего этого добра, сжимает в запароленный архив и кладёт архив на не-системный диск в папку облачного клиента (Dropbox, Mail.ru Cloud, YandexDisk, полно их). Таким образом, получается целых три копии (оригиналы, архив на не-системном диске, архив в облаке) плюс Dropbox позволяет откатить резервную копию на любое состояние за последние 30 суток. Например, перенастроил я рейдовые фреймы. Побегал пару дней и понял, что говно какое-то, было лучше. Откатываю резервную копию на нужное число дней взад, достаю оттуда WTF и вот они, мои старые настройки.