Причин для этих флешбэков с убийствами союзных персонажей несколько:
1). Если бы каждой фракции дали бы убить только боссов-противников, поднялась бы куча вони на тему: "У Альянса / Орды боссы проще / интереснее, несправедливо!".
2). Вторая причина вытекает из первой - рейдовая гонка. Несмотря на то, что зал славы гильдий (или как его там) разделен по фракциям, психологически победитель все равно будет один.
3). Эта причина не столь очевидна как первые две, но имеет место быть. Без этих флешбэков большАя часть игроков банально бы получила меньше контента, так как не у всех есть рейдящие (хотя бы в ЛФР) персонажи за обе фракции. Получилась бы примерно та же история, что с Башней магов, когда боссов много, но конкретных персонаж может убить от 1 до 4.
Лично для себя большой разницы не вижу, так как посмотреть смог бы и боссов за Орду, и за Альянс.
Нелепости в избиении союзных персонажей во флешбэках тоже нет. Мы Артасу помогали Стратхольм вырезать и Тралла спасали, так что и это ничуть не хуже.
Вот когда БЭ в БК Кельтаса ходили убивать это была так себе история, потому что на тот момент он был вообще их принцем, и это не было обставлено даже подобным образом

.